Program keagamaan di madrasah mencakup berbagai kegiatan yang bertujuan untuk memperkuat spiritualitas dan keimanan siswa. Di antara program-program tersebut adalah:
Sholat Dhuha: Siswa di MIN Maros didorong untuk melaksanakan sholat Dhuha, yang dilakukan di waktu pagi sebelum memulai pembelajaran. Sholat ini dianjurkan sebagai salah satu amalan yang mendatangkan keberkahan.
Sholat Dzuhur Berjamaah: Salah satu program rutin di madrasah adalah pelaksanaan sholat Dzuhur secara berjamaah. Melalui sholat berjamaah, siswa diajarkan tentang pentingnya menjaga ketaatan dalam ibadah serta memperkuat ukhuwah Islamiyah.
Pesantren Ramadan: Selama bulan Ramadan, madrasah biasanya mengadakan program pesantren Ramadan. Program ini meliputi kegiatan belajar agama, pembinaan akhlak, kajian kitab suci, buka bersama, serta berbagai kegiatan keagamaan lainnya untuk meningkatkan kecintaan siswa terhadap agama Islam dan meningkatkan pemahaman mereka tentang ajaran Islam.
Program-program ini dirancang untuk menciptakan lingkungan yang mendukung pertumbuhan spiritual dan keagamaan siswa di MIN Maros, serta membantu mereka mengembangkan sikap yang taat beribadah dan bertanggung jawab terhadap agama mereka.